É o 16º ano da era Meiji. Cinco anos se passaram desde que Kenshin Himura parou a revolta de Makoto Shishio. Embora as chamas de sua revolução tenham sido extintas, as cicatrizes deixadas por ela ainda são sentidas em todo o Japão. Remanescentes de seu grupo – embora dispersos – ainda existem. Alguns encontraram a paz enquanto outros continuam a lutar.
Depois que uma facção remanescente tentou reviver a revolução, a velha espada de Shishio caiu nas mãos de Ashitarou Hasegawa, um menino órfão que nunca conheceu um lar. O conflito também deixa Aran Inoue, um garoto meio japonês e meio americano de 16 anos, e uma garota mercenária chamada Asahi Kubota com um alto preço a pagar, sem nenhum outro lugar para ir. Mas felizmente para esses indivíduos, o Kamiya dojo sempre foi um lugar para aceitar andarilhos sem se intrometer em seu passado.
Os três estão ansiosos para começar do zero, então quando dois membros do antigo clã de Asahi aparecem exigindo seu retorno, Asahi se recusa e as coisas começam a ficar feias. No meio do caos, os membros do clã deixam cair um pacote contendo uma foto do pai presumivelmente falecido do proprietário do dojo Kaoru Kamiya e sua localização – Hakodate, Hokkaido. Com apenas essas informações, os membros do Kamiya dojo embarcam em uma aventura pelo mar na esperança de encontrar notícias sobre o pai de Kaoru e o motivo pelo qual ele está sendo perseguido.
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